Генетика

[Владиmir З]

Эту тему предлагаю для сбора новостей и сообщений от "читателей ДНК" и их обсуждение.
Наверняка статьи по генетике есть в "Полемике", но можно же и обсудить. Например, методы определения частоты мутаций.
Как-то встретил новость, в которой генетики хвалились тем, что подтвердили радиоуглеродные датировки. Речь правда шла о дописьменной эпохе, в которой +/- 5 тыс лет роли для нас не играют. Но все равно я удивился, и мне стало интересно, а каким образом генетики определяют частоту мутаций, поскольку на этом они строят свои методы датировки.
Наткнулся на эту статью:
"Эффективная скорость мутаций при коротких тандемных повторах Y-хромосомы применительно ко времени дивергенции человеческой популяции"
Это сайт Национальной медицинской библиотеки США.
Как видно, разгадка подтверждения генетическими методами радиоуглеродных дат кроется в том, что они один из своих методов ("эволюционный") привязывают к радиоуглероду. То есть для вычисления частоты мутаций они берут известное из истории время появления прародителя в той или иной местности. В этой статье речь идет, например, о племенах Маори, заселение которыми Новой Зеландии историки относят к 1000-1200 гг.
Правда методов у них несколько и даты они дают разные. Например генеалогический, работает от обратного - по маркерам нескольких поколений одного рода от наших дней назад. Калибровался по долгожителям Кавказа. Но разница между генеалогическим и эволюционным троекратная.
Вот статья Олега Балановского на официальном сайте генетиков РФ обо всех 3-х методах ДНК-датировок .
Самым точным считается метод полного сиквенирования Y-хромосомы. Я лично пока не разобрался в его механизме, но если правильно понял, к сожалению, они его так же калибруют по радиоуглероду. Если кто-то понял иначе, прошу указать на ошибку.

[Владиmir З]

карта ArcGIS

Карта пока еще не полная, настраивается по слоям, есть инструкция на основной странице. То есть можно узнать, например, распространение гаплогрупп и снипов в конкретную эпоху. Кликая в конкретную точку, получаешь развернутую информацию. Удобнее сначала выключить все слои, а потом выбирать нужный

Интересно мне показалось вот что:
Известно, что у русских преобладает гаплогруппа R1a (или около 50% или более), а также N1C1 (20%) и I2, I3 по мелочи. Хотя сами генетики больше к гаплогруппам не апеллируют, научились выделять снипы, субклады и тд. И все же
Сначала немного истории. От основатель этого рода, как многие наверное знают, пошли и киргизы и и татары, что понятно, поскольку на нашей территории всегда жило много народов.
Также R1a распространена в Восточной Европе. Что тоже не удивительно. Исток ее - в захоронениях стоянок ямной культуры. Однако предки происходят из старшей гаплогруппы R, наиболее древний представитель которой - мальчик со стоянки Мальта в Иркутской области.
Но от того же мальчика пошел и куст R1b, в основном распространенный по Западной Европе и в Башкирии, однако происхождение этой гаплогруппы генетики видят на Ближнем востоке.

Так вот, если применять эту карту (например, отключив все слои и открыв слой только средних веков, а можно оставить то, что открыто по умолчанию, дата ведь все равно указывается) то изучать распространение гаплогрупп становится куда как интереснее. В частности открывается любопытная картина.
Например, в Москве в Болшево есть захоронение, в образцах которого вдруг гаплогруппа E1b1 М215
Мне это показалось странным (с точки зрения генетики и истории), поскольку это гораздо более древняя гаплогруппа, чем R1a, предок которой появился еще в Эфиопии черт знает когда (генетики спорт по этому вопросу, но отпочкования датирую 5 тысячелетием до РХ. А субклад М215 дал кучу потоков с другими субкладми


Продолжаем: открываем захоронения Ярославля:

Как видно, город тоже пестрит разными геномами:
Та же E1b1b1 M35
R1b1b2 M269
N3 M46
G2a P15

Вывод как мне кажется можно сделать только один: преобладание той или иной гаплогруппы, например, R1a касается только современных народов, поскольку пробы брались у наших современников. История же говорит о гораздо большем разнообразии. Поэтому выводы генетиков, что славяне мигрировали только до Восточной Европы никак не может ни подтверждать ни опровергать традиционную историю. Поскольку в полках русских=монголов были разные народы, что мы и наблюдаем по ДНК останков. Впрочем генетики честно указывают, что гаплогруппа башкир распространена как раз в Западной Европе.

[Владиmir З]

Освежил статью Балановского. Точно, метод по сиквенированию Y-хромосомы привязывается к радиоуглероду.
"при оценках «полнохромосомных» скоростей в качестве вводной информации использовались даты в годах (время заселения Сардинии и Америки, время жизни основателя клана, датировка древнего образца")
Как они после этого берутся проверять радиоуглеродные датировки - непонятно. Образованные вроде люди.

[АнТюр]

«Трансмиссионные», «эволюционные» и «сконструированные» скорости мутаций локусов гаплотипов Y-хромосомы
https://new.chronologia.org/volume10/turin_mutation.php

[Владиmir З]

АнТюр, спасибо! Но в общем ничего нового, с методами генетиков я более-менее ознакомился. Достаточно просто они описаны у Балановского.

Если хронологическая основа ТИ не верна, то вопрос о скоростях мутаций, являющихся основой генохронологического датирования, должен быть запутанным.

Я, конечно, только начал знакомиться с этой областью, но мне кажется я не ошибусь, если скажу, что очень важно еще понять механизм возникновения мутаций. Если он случайный, то грош - цена всем методам вычисления скорости, а соответственно и дат.
А для того, чтобы откалибровать эволюционный метод, нужно знать точное время появления мутации у общего предка. Генетики тут опираются на РУ-даты, что само по себе обесценивает метод. Так например они вычисляют скорость по появлению Маори в НЗ.
Но вы тоже опираетесь на время колонизации НЗ. А откуда мы ее знаем?

Скорость мутации оценена в 0,000705 +/-0,000332 (SD = 0,00078) на маркер за 25 лет. Но как получена эта цифра, понять нам не удалось.

Вы читали ту же публикацию, которую я привел в первом посте?

Кроме того, при датировании должны применяться разные величины скорости мутаций, отличающиеся в разы. Так ли это?

Так генетики и не скрывают, что они разные.
И поскольку у вас статья давнишняя вы не рассматриваете метод полногеномного секвенирования Y-хромосомы. Но косяк там тот же, я выше уже писал

[Nikol]

Если я понял правильно генетический метод датировок, то он не независимый. Для определения скоростей мутации используют якобы точно установленные даты, полученные, например, радиоуглеродным методом. Но НХ заставила нас сомневаться в точности этих датировок.
Но ведь есть другой метод, наиболее точный. Это астрономический метод по гороскопам. Он даёт точность в 2-3 дня, если в гороскопе есть Луна. Тогда, предполагая, что даты записанные в гороскопах это даты смерти фараонов, можно очень точно откалибровать генетические методы датировок.
Проблема может быть в том, что не разрешается проводить генетический анализ фараонов? Может есть другие захоронения с гороскопами?

[Владиmir З]

Проблема может быть в том, что не разрешается проводить генетический анализ фараонов? Может есть другие захоронения с гороскопами?

С фараонами проблема в другом. Из-за бальзамирования трудно получить чистый ДНК.
Но метод должен быть независим от любого другого. Иначе никакого смысла.

[lirik]

С фараонами проблема в другом. Из-за бальзамирования трудно получить чистый ДНК.

Вот, были исследования недавно -
https://www.gazeta.ru/science/news/2021 ... 1095.shtml
оригинал
В целом, согласно заявлению исследователей, мумии генетически ближе к современным жителям Средиземноморья и Ближнего Востока, а не к современным египтянам.

[Владиmir З]

С фараонами проблема в другом. Из-за бальзамирования трудно получить чистый ДНК.

Вот, были исследования недавно -
https://www.gazeta.ru/science/news/2021 ... 1095.shtml
оригинал
В целом, согласно заявлению исследователей, мумии генетически ближе к современным жителям Средиземноморья и Ближнего Востока, а не к современным египтянам.

Это я знаю. Немцы это еще 4 года назад получили. Поэтому и написал "трудно". Я же не написал невозможно.
Генетика, как я уже писал, развивается семимильными шагами. И новые результаты только подтверждают старые. Что хорошо. Но вообще с ДНК там не так просто.
Сохранность ДНК в египетских мумиях оставляет желать лучшего. Причины тому – жаркий климат, высокий уровень влажности во многих гробницах и воздействие химикатов при мумификации, в особенности карбоната натрия. Все эти факторы ведут к деградации ДНК. Так что до сих пор большинство попыток выделения и исследования ДНК из мумий были неудачными или сомнительными.

[Hatolic]

Первые белые люди 13000-16000 лет назад. Современные расы 7000-10000 лет назад. До этого, кто в деревне живет того и раса. E1b1 может присутствовать если кто то пришел и расплодился, и его потомки по мужской линии долгое время выживали. Думаю у Пушкина у потомков тоже есть E1b1.